基石指南
结构生物学数据平台完整指南：从PDB准备到模型复核
确定问题而不是先选工具
围绕“确定问题而不是先选工具”的第1个观察角度，结构生物学计算平台的核心不是页面数量，而是让问题、输入、方法和结论保持关联，任何一个环节脱离语境，后续团队都可能无法复现同样判断，实际处理时，先把对象名称、来源、日期和当前状态写在同一条记录里，这样做看似比直接运行多一步，却能避免团队在结果出现差异后重新猜测输入条件，先从可观察的输入条件开始，再判断模型是否回答了原来的问题，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
建立结构文件清单
围绕“建立结构文件清单”的第1个观察角度，良好的流程先保护原始文件，再建立可追踪的派生结果，不可逆的手工决定应尽早记录，可重复的计算步骤则要保存环境和参数，如果资料缺少关键语境，可以保留为探索性线索，但不能把它提升为确定结论，把未知项写出来，会让下一次实验和计算更有方向，把结构证据和计算证据分开记录，可以避免一种结果替另一种结果背书，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
检查链、残基和配体
围绕“检查链、残基和配体”的第1个观察角度，方法更新并不要求推翻旧结果，保留版本、验证集和适用边界，可以让团队比较变化，判断新工具究竟改善了什么，模型提供的是在特定训练资料与评价方式下的判断，应用到新体系前，应准备固定验证样本，并记录模型在哪些类型上容易发生错误，比较应围绕同一基准进行，否则数字差异很可能只是处理流程不同，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
定义蛋白质相互作用界面
围绕“定义蛋白质相互作用界面”的第1个观察角度，结构生物学计算平台的核心不是页面数量，而是让问题、输入、方法和结论保持关联，任何一个环节脱离语境，后续团队都可能无法复现同样判断，实际处理时，先把对象名称、来源、日期和当前状态写在同一条记录里，这样做看似比直接运行多一步，却能避免团队在结果出现差异后重新猜测输入条件，当结论需要跨设备复用时，文件之外的环境和人工决定同样属于数据，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
空间邻域与特征表达
围绕“空间邻域与特征表达”的第1个观察角度，良好的流程先保护原始文件，再建立可追踪的派生结果，不可逆的手工决定应尽早记录，可重复的计算步骤则要保存环境和参数，如果资料缺少关键语境，可以保留为探索性线索，但不能把它提升为确定结论，把未知项写出来，会让下一次实验和计算更有方向，异常案例值得保留，因为它能暴露模型训练范围之外的结构类型，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
选择模型与评价指标
围绕“选择模型与评价指标”的第1个观察角度，方法更新并不要求推翻旧结果，保留版本、验证集和适用边界，可以让团队比较变化，判断新工具究竟改善了什么，模型提供的是在特定训练资料与评价方式下的判断，应用到新体系前，应准备固定验证样本，并记录模型在哪些类型上容易发生错误，最终行动应与证据强度相称，探索性结果适合安排验证而不是直接下结论，研究者由此可以把基石指南中的输入、机制、比较和适用边界放在同一条论证线上。
基石指南怎样进入长期记录
补充记录1讨论基石指南的长期复核，结构生物学计算平台的核心不是页面数量，而是让问题、输入、方法和结论保持关联，任何一个环节脱离语境，后续团队都可能无法复现同样判断，如果资料缺少关键语境，可以保留为探索性线索，但不能把它提升为确定结论，把未知项写出来，会让下一次实验和计算更有方向，这项信息应与“这一点”的任务名称、文件版本和责任人保持关联。