STRUCTURE DATA
PDB文件需要完整语境
实验结构与预测结构
讨论实验结构与预测结构时，PDB文件不仅保存原子坐标，还携带链标识、残基编号、实验方法、分辨率和缺失信息，针对实验结构与预测结构，真正进入计算前，研究者需要确认文件描述的是生物学复合物、晶体不对称单元，还是经过建模补全的结构，针对实验结构与预测结构，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
查看相关研究文章PDB编号和文件版本
讨论PDB编号和文件版本时，同一个蛋白质可能因为构建体长度、突变、配体和实验条件出现多个结构，针对PDB编号和文件版本，文件名相近并不表示可以互换，针对PDB编号和文件版本，任务记录应保留来源编号、下载日期、处理动作和最终校验值，针对PDB编号和文件版本，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
查看问题说明链、结构域与复合物
讨论链、结构域与复合物时，坐标清理的目的不是让文件看起来整齐，而是让每个删除、保留和补全动作都有理由，针对链、结构域与复合物，若一个选择会改变界面，结果中就必须保留这项不确定性，针对链、结构域与复合物，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
查看相关研究文章配体、水分子和离子
讨论配体、水分子和离子时，PDB文件不仅保存原子坐标，还携带链标识、残基编号、实验方法、分辨率和缺失信息，针对配体、水分子和离子，真正进入计算前，研究者需要确认文件描述的是生物学复合物、晶体不对称单元，还是经过建模补全的结构，针对配体、水分子和离子，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
查看问题说明缺失残基与替代构象
讨论缺失残基与替代构象时，同一个蛋白质可能因为构建体长度、突变、配体和实验条件出现多个结构，针对缺失残基与替代构象，文件名相近并不表示可以互换，针对缺失残基与替代构象，任务记录应保留来源编号、下载日期、处理动作和最终校验值，针对缺失残基与替代构象，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
查看相关研究文章校验值、来源和归档
讨论校验值、来源和归档时，坐标清理的目的不是让文件看起来整齐，而是让每个删除、保留和补全动作都有理由，针对校验值、来源和归档，若一个选择会改变界面，结果中就必须保留这项不确定性，针对校验值、来源和归档，并把这些条件放进PDB文件需要完整语境的具体使用场景，便于核对限制。
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