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结构数据与模型方法文章
文章从具体科研任务出发，讨论输入条件、作用机制、比较方法和适用边界，并按发布日期由新到旧排列。
结构数据PDB文件进入计算任务前，哪些结构信息必须先确认链编号、残基缺失、配体与替代构象会直接改变后续界面分析。
相互作用界面蛋白质界面热点残基为何不能只看一个预测分数热点是能量、结构邻域与实验条件共同构成的判断，不是红色标记本身。
三维特征Voronoi邻域如何描述蛋白质结构里的空间关系三维邻近并不等于序列相邻，空间划分能补充固定距离阈值看不到的信息。
模型验证热点残基很少时，机器学习模型怎样面对类别不平衡准确率可能掩盖漏检，评价模型需要同时阅读召回率、特异性与测试集构成。
分子对接分子对接之后，热点预测应放在研究流程的哪一步对接构象先要通过结构与生物学条件筛选，再讨论界面热点和干预策略。
AI科研AI蛋白质结构预测进入研究流程后，哪些边界仍需人工判断高置信度结构不自动等于正确界面，样本、复合物状态与实验条件仍然重要。
客户端版本客户端升级时，如何让科研任务记录不跟着断裂软件版本、输入文件、参数与结果目录需要一起归档，才能在设备变化后继续复核。
基石指南结构生物学数据平台完整指南：从PDB准备到模型复核把客户端、结构文件、界面定义、预测模型、实验边界和团队交接连成可复核流程。